誰にも気づかれず、人知れず覇権争いをする関東と関西。その陰でうごめくのは忍者たち。関西の忍者の末裔は、いつも関東に嫌がらせをし続けている。そんな中、東京の女子高にやってきた４人の転校生。彼女たちの真の姿は、東京を守るために送り込まれた忍者の末裔?JKニンジャガールズだった！